Европейската прокуратура функционира като единен орган на територията на участващите държави членки и обединява усилията на европейските и националните правоприлагащи органи в единен, интегриран и ефикасен подход. Европейската прокуратура е структурирана на две равнища — централно и национално.
Централното равнище се състои от европейския главен прокурор, неговите 2 заместници, 22 европейски прокурори (по един от всяка участваща държава членка), двама от които ще бъдат с функциите на заместници на европейския главен прокурор, както и административен директор.
Децентрализираното равнище се състои от европейските делегирани прокурори, които са установени в участващите държави от ЕС. Службата на централно равнище ще упражнява надзор върху разследванията и повдигането и поддържането на обвинението на национално равнище. Европейските делегирани прокурори провеждат разследванията и преследването по наказателен ред в своята държава членка.
Правата на заподозрените и обвинените лица са гарантирани чрез всеобхватни процедурни мерки за защита, основани на съществуващото европейско и национално законодателство. При своите дейности Европейската прокуратура спазва правата, гарантирани от Хартата на основните права на Европейския съюз, включително правото на справедлив процес и правото на защита. Процедурните актове на Европейската прокуратура подлежат на съдебна проверка от националните съдилища. Съдът на Европейския съюз – чрез преюдициални заключения – има запазено правомощие да осигурява последователното прилагане на правото на ЕС.
